Dotychczas odbyło się dwanascie Konferencji Krakowskich, z których każda koncentrowała się na próbie odpowiedzi na szereg pytań istotnych ze względu na przyszłość Europy, Polski i regionów:
- Kreatywna i innowacyjna Europa wobec wyzwań XXI wieku (2008),
- Polska wobec wyzwań cywilizacji XXI wieku (2009),
- Polonia quo vadis? (2010),
- Unia Europejska. Dylematy XXI wieku (2011),
- Transformacja sceny europejskiej i globalnej. Strategie dla Polski (2012),
- Polska w Europie wielu prędkości (2013),
- Przyszłość wolności. Wymiar krajowy – regionalny – międzynarodowy (2014),
- Świat współpracy – świat konfrontacji. Wybory strategiczne dla Polski w warunkach podwyższonej niepewności (2015),
- Polska regionów – Polska miast (2016),
- MałoPolska – globalne wyzwania, regionalne rozwiązania (2017),
- Wiek wolności – od niepodległości do wyzwań przyszłości (2018),
- Człowiek w drodze – z szacunkiem dla siebie, innych, przyrody (2019).
Wystąpienia oraz dyskusje prowadzone przez uczestników Konferencji pozwalają zarysować koncepcje, wyzwania i możliwe scenariusze rozwoju Unii Europejskiej, Polski oraz Małopolski w kontekście wielorakich zmian globalnych, uwarunkowań geopolitycznych czy systemów wartości. Tradycją krakowskich debat stało się już konfrontowanie generalnej perspektywy europejskiej i światowej z problemami rozwoju Polski, polskich miast i regionów, z uwzględnieniem perspektyw i dylematów rozwojowych Małopolski. Corocznie organizowane Konferencje Krakowskie stwarzają znakomitą okazję do twórczej debaty, prowokując do myślenia i stawiając istotne pytania o to, co ważne dla przyszłości nas i Europy. Zwyczajowo podczas Konferencji pojawia się więcej pytań niż odpowiedzi. Jest w tym logika, gdyż formułowanie pytań, identyfikacja problemów nauki i praktyki stanowi wstęp do refleksji i poszukiwania sposobów stawiania czoła obecnym i przyszłym wyzwaniom.
Podsumowaniem debat konferencyjnych są wydawane każdego roku publikacje inspirowane wystąpieniami i dyskusją uczestników konferencji. Dają one możliwość szerszego udostępnienia poruszanych wątków i włączenia w obieg refleksji także osób i środowisk, które nie uczestniczyły bezpośrednio w Konferencjach Krakowskich.